旧收藏夹的组合甚至比其零件的总和更具品味。谁不留下花生酱和果酱，碎片和浸渍，以及DNA甲基化和染色质试验？虽然他们听起来很开胃，但最后两个人不太容易聚会。
已经开发了许多测定过去结合芯片和亚硫酸氢盐测序;然而，它们通常需要大量的输入DNA和高测序成本。这使得组合剖面小组细胞或单细胞，不可能。已经开发了一组新的技术，以解决这些问题，并提高染色质特征的表征。在这一特殊功能中，我们突出了四种新的和令人兴奋的组合DNA甲基化/染色质方法。
甲基 - atac-seq和Atac-me：外观蛋白酶上的多组攻击
甲基 - ATAC SEQ（MATAC-SEQ）和ATAC-ME都是ATAC-SEQ和DNA甲基化测定。Matac-SEQ是在Paul D. Soloway的实验室中开发的，康奈尔大学，ATAC-ME是在Vanderbilt Universty大学的艾米莉霍比尔斯实验室开发的。这些才华横溢的团队希望避免在从两组单独的细胞组比较DNA甲基化和染色质可访问性（ATAC-SEQ）数据时避免令人振奋重叠的地方。该方案是ATAC-SEQ的杀手组合，然后是亚硫酸氢盐测序：
- 使用甲基化寡核苷酸的TN5转座酶对核进行标签进行，其保护在亚硫酸氢盐处理期间从脱胺中保护掺入的衔接子
- 标签DNA是最终修复的，纯化的，亚硫酸氢盐转化的，扩增和测序
- 得到的ATAC-SEQ峰不仅是染色质可用性的量度，而且还同时以反映DNA甲基化水平的序列同时提供C-> T转化
通过将这些方法与同时RNA隔离相结合，也可以集成来自细胞的表达数据。这两种方法都提供了用于梳理ATAC-SEQ和DNA甲基化实验的精简溶液，而不仅节省时间，金钱（所需的少序列）和珍贵的样本，而且还提供了更好的确定性这些特征在相同的基因组位置发生样品。
该方法特别适用于识别DNA甲基化，染色质状态和表达的窄窗并不像思想那样紧密连接。ATAC-ME纸表明，DNA甲基化，染色质可用性和DNA甲基化可以是未耦合的，其中它们在早期发育期间彼此独立地改变，基因表达与染色质状态连接，而不是DNA甲基化。
检查甲基 - ATAC-SEQ基因组研究，2019年6月和atac-me in我们以前的报道和分子细胞，2020年3月
epimethyltag：经销商选择
epimethyltag是由纽约大学的简斯科克实验室开发的，解决与在转录因子（Tf）结合位点的DNA甲基化相关的挑战。许多TFS是DNA甲基化依赖性，但旧方法的局限性意味着已经进行了很少的基因组研究以评估这一点。epimethyltag结合了ATAC-SEQ或重装具有亚硫酸氢盐转换（分别为M-ATAC或M芯片）。这是它的完成方式：
- 使用TN5的标签在核裂解物（M-ATAC）或染色质免疫沉淀（M芯片）上进行
- 纯化DNA，亚硫酸氢盐转化，PCR扩增，并测序
- 与上面的Matac-SEQ一样，存在的序列的量（ATAC-SEQ或芯片-SEQ峰值）是染色质开放/ TF结合的量度，而序列本身提供DNA甲基化信息
eBimethyltag是一种快速，低输入的方法，可用于较小的细胞群。它是确定转录因子结合位点的DNA甲基化状态的理想选择。DNA甲基化很少发生在TF结合位点和开放的染色质;然而，Skok的集团博士发现了一些发生的峰值。这些高度可访问的高度甲基化区域还显示转录活性，高H3K4ME1，低H3K4ME3和低H3K27Ac。这些“Poived启动子”的生物学作用仍然是一个令人兴奋的谜。
go标记所有细节基因组生物学，2019年11月
SCNMT-SEQ：Singling In Multimic Insight
染色质的全ATAC不是唯一的方法。SCNMT-SEQ（单细胞核小体，甲基化和转录测序）是由狼Reik（Babraham Institute，UK）和Oliver Stegle（Embl-Ebi，UK）开发的三重威胁。SCNMT-SEQ使用GPC甲基转移酶来标记开放的染色质，然后是亚硫酸氢盐和RNA测序（一种适应形式的nome-seq.）。通过使用“无信号”作为闭合染色质的指示，单个细胞的低样品输入不是有问题的。这是它的工作原理：
- GPC甲基转移酶标标记可访问的单细胞中的DNA
- RNA和DNA物理分离
- 将RNA进行文库制备和使用测序SMART-SEQ2.
- DNA被治疗到图书馆的滞销和单细胞亚硫酸氢盐测序（SCBS-SEQ），其中CpG和GPC甲基化分别提供有关DNA甲基化和核小体占用的信息
该组使用SCNMT-SEQ在个体基因座上发现这三个分子层的新型相互作用。最后，他们还沿着表观遗传景观沿着表观遗传景观，并检查了差异的麦塞斯，在那里他们在发育相关区域的所有三个分子层的偶联中发现了明显的动态。
看看我们的以前的覆盖方法，和完整的故事自然通信，2018年2月
对于所有这些技术，能够从输入样本开始工作，前进到前进的重大步骤中，绕过需要假设标记实际上发生的。这四种方法中的每一个都可以让寻求了解表观遗传痕迹如何更容易地为每个人提供服务。