工具如果没有它们，人类将会在哪里?EpiGenie团队决定搜索并编写一个最好的免费工具列表数据库没有它，表观遗传学研究人员就无法生存。
我们开始吧:
后生数据浏览器和存储库:
来吧，让你的脚湿：
- IHEC数据门户：国际人类表观基因组协会（IHEC）带来了参考表观基因相关的健康和疾病。查看，搜索和下载所有数据。
- 表观基因学: NIH表观基因组学图谱联盟提供了组蛋白修饰、染色质可及性、DNA甲基化和mRNA表达在100多种人类细胞类型和组织中的图谱。
- CEEHRC平台:为人类细胞而非典型干细胞系的表观基因组参考项目。
- 位深蓝:存储和处理来自多个国际财团的基因组和表观基因组数据。
- 表观基因组浏览器：对于UCSC基因组浏览器的球迷。
- WashU表观基因组浏览器:一个web浏览器，fffers跟踪从编码和路线图表观基因组学项目。
- 运用：配备ENCODE。
- GenExp：一个基于Web的可视化工具，以交互方式探索基因组数据库。
- 表观基因组图谱：人类参考表观基因。
- 人类转录因子的分类：转录因子和它们的结合位点的母单。
表观遗传学数据库：
虽然你是一个先行者，你肯定不会踩这些水域的第一个。去看看一生如何工作的：
染色质:
- 4DGenome：染色质相互作用的跨越五个品种的数据库。包括从图3C，4C，5C，嘉PET，的Hi-C，捕捉-C，和IM-PET数据。
- 3国开行：一个人工监管染色体构象捕获（3C）的数据库。
- Histome:人类组蛋白变体、翻译后修饰位点和组蛋白修饰酶的数据库。
- cisRED：一个主题数据库。
DNA甲基化:
- MethylomeDB：脑甲基化数据库提供了从人类和小鼠DNA甲基化谱。
- DiseaseMeth：人类疾病的Methylomes。
- NGSmethDB:全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)数据库为许多不同的组织，病理条件，物种。
- MethBase：从数百很好地研究生物methylomes的。
非编码RNA:
- miRWalk 2.0:一个基因完整序列的miRNA结合位点和现有12个miRNA-target预测项目的结合位点的比较。
- RNA22v2：让您的miRNA与公正的algorithim不仅考虑3'UTR结合也5'UTR结合目标。
- miRBase:已发表的miRNA序列。
- 戴安娜的工具:一套工具，包括目标预测算法和实验验证的miRNA目标。
- TargetScan：通过搜索匹配每个miRNA的种子是保守位点可预测miRNA的目标。有不同版本的人类，老鼠，蠕虫，苍蝇，和鱼。
- 目标的缩影：跨许多物种的microRNA预测目标。
- miRNEST 2.0:动物、植物和病毒微rna的数据库。
- NonCode: 16种非编码rna (tRNAs和rRNAs除外)的数据库。
- 人的lincRNA目录:基于约40亿个RNA-Seq的详细的人类lincRNA目录，涵盖24种组织和细胞类型。
- PolymiRTS：链接序列特征，看看什么在你的microRNA多态性可以做。
- CircNET：组织特异性环状RNA（circRNA）表达的优惠简介以及circRNA体miRNA基因调控网络。
- circBase：公共circRNA数据和circRNA发现在自己的（RIBOMINUS）RNA-seq的数据的自定义Python脚本。
- 母星v2.0:从大规模的CLIP-Seq数据中解码lncrna、mirna、circrna、rna结合蛋白(RNA-binding protein, RBPs)和mrna的相互作用网络。
- Circ2Traits:把你的环状rna和疾病或特征联系起来。
统计数据分析和可视化工具后生：
结果是伟大的！现在去与他们无关的东西。利用这些数据分析和可视化工具，帮助破译你的数据。需要得到一个小前奏成生物统计学？走学习一些[R并检查了从Bioconductor的数据库要领让你从那些不容易分析的数据开始。以下是一些最好的数据分析和可视化软件包:
DNA甲基化:
- Bsseq：一个Bioconductor的（R）封装，提供了分析和对你的鉴定差异甲基化区域（DMR中）的目标可视化你自己WGBS数据的工具套件。
- epiGbs：参照基因组的分类降低表示亚硫酸氢盐测序（RRBS）方法，其能够在数百个样品的DNA甲基化和遗传变异的成本效益分析。
- MethPipe：分析你的WGBS和RRBS数据来识别DMR中，等位基因特异的甲基化和部分甲基化区域。
- M3D：一种生物导体(R)包，它使用一个内核方法来识别dmr。
- 摩押：用于对准的WGBS数据和检测的DMR的生物信息学方法。
- DMAP：A（基于C）工具RRBS和WGBS数据，其中包括一套统计工具和用于分析DNA甲基化数据的不同调查方法，它也连接区域中的任意列表的基因组中，并提供了基因和CpG功能。现在的特征在于用于RRBS，尚未示出前一种新颖的基于片段的分析。
- 击败:生物导体(R)包，让您分析单细胞的BS-seq数据。
- methylPipe:用于分析来自WGBS数据的CpG和非CpG甲基化的生物导体(R)包，也支持与其他表观基因组数据集的集成。
- compEpiTools：一个Bioconductor的（R）封装，可以帮助您分析，集成和可视化多表观基因组数据集。
- DMRcate：甲Bioconductor的（R）封装用于使用WGBS和Illumina公司的Infinium阵列（450K和EPIC）数据人类基因组DMR鉴定。
- Minfi生物导体(R)包为您的Illumina Infinium阵列(450K和EPIC)提供全面的分析，并考虑到细胞异质性，毕竟多样性是生活的香料。
- 冠军：甲Bioconductor的（R）包，提供QC / QA度量和为了识别的DMR和复制在Illumina公司的Infinium阵列（450K和EPIC）数据数量的变化的若干标准化方法。
- FEM：甲Bioconductor的（R）封装，DNA甲基化和基因表达的数据的提供综合分析。
- 彗星:生物导体(R)包可视化表观基因组关联研究(EWAS)从基因组区域的角度。
- Repitools：甲Bioconductor的（R）封装为基础的浓缩-DNA甲基化数据的分析。
- RnBeads:用于Illumina Infinium阵列(450K和EPIC)和BS-seq的DNA甲基化数据综合分析的R包。经过一些外部处理后，还支持MeDIP-seq和MBD-seq。
- 挝:生物导体(R)包，用于整合转录组和表观基因组的基于重要性的模块。
- 戴维:一个直观的用户界面，执行视觉比较你所有的大型DNA甲基化数据集。
芯片起：
- 苹果电脑：基于模型的芯片起分析（MACS）的峰值寻找算法一展身手。
- PAVIS: PAVIS (Peak注释和可视化)允许您注释和可视化您的ChIP-seq和BS-seq数据。
- EaSeq:让您分析和可视化您的ChIP-seq数据与图形用户界面，运行在一个典型的PC。
- ODIN: ChIP-seq工具，不仅可以检测峰值，还可以调用并提供两种情况下的差异峰值统计信息。
- MMDiff：其检测在芯片起数据差分峰甲Bioconductor的（R）封装。
- ALEA：让您分析的ChIP-seq的或RNA-seq的数据与表观状态归属关系等位基因特异性差异。
- CENTDIST：一个Web的应用程序识别转录因子挂在你的芯片起峰。
- 片阵列V2.0:将ChIP-seq或ChIP-CHIP数据与基因表达整合，构建调控网络。工作为人类，老鼠，酵母，苍蝇，和拟南芥的数据。
- CosBI：组蛋白代码，你敢破解呢？从后生学更多关于CosBI的知识。
- PSCAN芯片：Web服务器，对于过度representated转录因子扫描的ChIP-seq的峰值坐标结合位点的图案。
- chroGPS：甲Bioconductor的（R）封装旨在集成，可视化，和表观基因组数据的功能分析。
- Epigenomix：一个Bioconductor的（R）封装，可以让你与你的ChIP-seq的数据集成的RNA-seq的或微阵列数据。它可以让你预处理和对两个数据集创建不同的基因列表。
- HMCan:一个调用ChIP-seq/ATAC-seq数据峰值的工具，这些数据是由癌细胞生成的。它纠正了gc含量偏差和DNA拷贝数畸变。
- HMCan-diff：一个工具来检测与拷贝数像差校正在癌症芯片起数据差分染色质修饰。
- 莉莉：一种方法调用在癌细胞中的DNA拷贝数异常超增强剂。
主题发现:
- 警句:分析管道，其预测从DNA基序的组蛋白修饰和DNA甲基化模式。看看我们的覆盖范围。
- 荷马：基序发现你的样本组之间的差异是至关重要的。艺术只是一个奖金。
- MEME套件:主题基于序列的分析工具。
- 可怕的:用于预测共调控基因的远端(近端启动子区域外)调控元件(远端)的web服务器。
- 美琳娜: (Motif阐发器在核苷酸序列组装中)可以同时运行多个Motif预测工具。
RNA：
- BioWardrobe:让您存储、可视化、分析和集成表观基因组和转录组数据使用基于web的图形用户界面，不需要编程经验。
- 星系:提供一个接口来帮助您完成所有复杂的RNA-seq代码。
- Babelomics 5：一个友好的用户界面，用于基因表达和基因组数据的一组工具。
- Samtools：用于高通量测序的数据和格式，包括SAM / BAM / CRAM以及BCF2 / VCF / gVCF交互的程序套件。
- 皮卡德：一种文件类型，如SAM / BAM / CRAM和VCF组的命令行工具。
- 超级Deduper:从你的付费端读取中移除PCR副本。
- FLASH 2:合并付费端读取。
- 镰:从单端读取中删除排序适配器。
- 镰状:从RNA-seq读数中修剪低质量区域。
- 领结2：调整您的测序结果长参考序列。
- 大礼帽:用于RNA-seq读取的拼接连接映射器使用了领结。
- 星：RNA-SEQ对准该peforms同时读取映射及数量。
- 袖扣：组装转录物，估计其丰度，和试验在RNA-SEQ DATS差异表达。它接受对齐RNA-seq的读取。
- 腰带:一个R包，帮助分析袖扣RNA-Seq输出。
- DESeq2：探测出你的RNA-seq的数据成绩单的差异表达。
- 刨边机：甲Bioconductor的（R）包RNA-SEQ数据的差异表达分析。
- Kallisto酒店:定量分析RNA-seq数据中转录产物丰度的程序。使用伪对齐跳过对齐步骤。
- 三文鱼：一种用于定量使用RNA-SEQ数据转录物的表达的工具。
- GCRMA：预处理算法对于Affymetrix阵列。
其他有用的工具：
- SeqPlots：探索性数据分析，并在一个不错的应用程序，让您产生你的功能基因组功能的一些漂亮的图片捆绑可视化工具。
- ngs.plot：在功能基因组区域可视化你的结果。
- 手枪：基因组协会测试仪（GAT），您可以计算所有你看中的数据集之间的重叠的意义。
- GeneOverlap：甲Bioconductor的（R）封装到统计学测试，然后可视化多个基因列表之间的基因重叠。
- ZENBU：日本所有，全，全，共赢。该浏览器可以让你在一个不错的视觉环境与您的数据集成和交互。
- EpiExplorer:导入您自己的数据，并将其与ENCODE进行比较。
- Podbat：定位数据库和分析工具，其从多个源获取数据，并允许一系列染色质修饰的的详细解剖。它可以用来分析，可视化，存储和共享您的数据。查看我们对Podbat覆盖。
- CTCF绝缘子数据库：在硅片预测您所有的基因组绝缘需要!
- 调节序列分析工具：检测在非编码序列的调节信号。
- 凯莉：这需要花费你的两个条件芯片的数据和应用的启动子的分析来推断调控网络。
基因本体和途径分析
所以，你已经得到了这些美妙的基因组数据，形成了一个漂亮的小基因列表。现在是时候搞清楚他们都在做什么了。
- Enrichr：了解转录调控，途径，onotologies，从这个整洁的小网络工具等等。
- ConsensusPathwayDB：主工具，从大量的数据库拉动以提供本体和人类，小鼠，和酵母途径分析。
- 大：基因组区域注释工具的富集（GREAT）给出了生物学背景，以通过分析附近基因的注释非编码基因组区域。这是伟大的，从你的芯片起和DNA甲基化数据分析基因组坐标。
- WGCNA:一个用于加权相关网络分析的R包，可用于发现相关的基因簇。
- 基因集富集分析(GSEA)：这个名字说明了一切，这个创新性的计划可以让你比较对分子特征数据库（MSigDB）。
- 用于注释、可视化和集成发现的数据库(DAVID)他是他们的鼻祖。
- 串：STRING是已知的，预测蛋白质相互作用的数据库，可以让你visualzie交互网络。
- GeneMANIA：GeneMANIA让你想象你的基因列表，并通过使用一个非常大的一套功能关联数据的认定等相关的基因。
- GO精英：本体，并从多个数据库路径分析。
- 负鼠：分析转录因子结合位点的基因列表。
- REVIGO：通过去除多余的人缩短您的长基因本体论的术语列表。
- 旅客:分析器：本体，通路，多从你的基因列表。目前可用于200多个品种。
- ToppGene:一套工具，看看什么是丰富你的基因列表。
亚硫酸氢钠引物设计：
当亚硫酸氢盐降低了序列的复杂性，增加了它的引物设计的复杂性。这些计划帮助采取的痛苦了亚硫酸氢盐引物设计：
- BiSearch:一个引物设计算法，可以与亚硫酸氢盐转换和非转换序列。
- MethPrimer：一个程序，让你设计引物，亚硫酸氢盐PCR也预测CpG岛的DNA序列。它可以让你设计的甲基化特异性PCR（MSP），亚硫酸氢盐测序PCR（BSP），以及亚硫酸氢盐限制PCR引物。
- 亚硫酸氢底漆导引头: Zymo Research的便利的在线亚硫酸氢盐引物设计工具，由专家设计。
有一个工具，你挖？让我们了解一下所以我们可以以开放科学的精神来分享它!