“驾驶员”代表了a的关键部分成功的f1车队研究出那些导致各种疾病和失调的因素，可能会提供关键的机制洞察力，甚至有助于开发新的治疗方法。
在早发性衰老病哈钦森-吉尔福德早衰症在美国，患者具有核膜蛋白层蛋白a(即progerin)的突变形式，这种突变会对内核膜产生负面影响，并引发一系列细胞缺陷，导致早发性衰老。而表观遗传分析则为这一现象提供了证据组蛋白甲基化模式的改变和空间划分的丧失在患者来源的细胞中，通常观察到的活跃和不活跃的染色质域，驱动hgps相关表观遗传改变的机制仍不清楚。
然而，研究人员领导Manuel Rodriguez-Paredes(DKFZ-ZMBH联盟，德国癌症研究中心，海德堡，德国)知道，薄片相关域(或简称为latina)，基因缺乏的DNA区域，位于核薄片附近，协助基因组的空间组织成为压抑元素，代表了领先的竞争对手。因此，他们对他们的研究进行了调整，通过应用一些有力的表观遗传分析，来询问是否受影响的男性会导致早发性衰老。
那么，Köhler和他们的副驾驶在驱动与hgps相关的表观遗传改变方面发现了什么?
- ATAC-see提供了染色质可及性的视觉轮廓
- 当父母/年龄匹配的对照成纤维细胞显示染色质低和高可及性区域的动态模式时，HGPS成纤维细胞显示染色质可及性降低，并伴有核畸形
- 的协议,ATAC-seq分析发现，HGPS和对照成纤维细胞之间有545个差异可达区域与lad显著重叠
- EPIC阵列的甲基组分析表明，改变的DNA甲基化谱与拉德特异性染色质可及性变化有关
- HGPS成纤维细胞中的差异DNA甲基化主要发生在正常真皮成纤维细胞中以组蛋白标记为特征的部分甲基化薄板相关区域
- DNA甲基化改变与健康衰老或沃纳综合征(一种由atp依赖解旋酶突变引起的类早衰综合征)中观察到的不同
- 有趣的是，HGPS样本根据鉴定位点的DNA甲基化概况和表观遗传时钟对年龄的估计形成了两个亚群——一个表观遗传年龄加速组具有更高水平的DNA甲基化，另一个表观遗传年龄缓慢，DNA甲基化较低
- RNA-seq鉴定了HGPS和控制成纤维细胞之间的343个差异表达基因，这些基因不同于生理衰老过程中观察到的基因
- 转录组、DNA甲基化和染色质可达性数据集的比较揭示了343个差异表达基因的子集，这些基因直接受到HGPS中小伙子的表观遗传调控的影响
- 荧光原位对HGPS成纤维细胞核进行杂交实验发现，过表达基因的位置远离核板，而下调基因的位置更靠近核板
- 这表明，在HGPS成纤维细胞中观察到的异常基因表达模式，是由板相关位点的核内再定位支撑的
这项多因素分析现在提供的证据表明，孕激素驱动的HGPS核畸形导致了表观遗传失调，进而驱动与HGPS早发性衰老表型相关的疾病相关基因表达谱的发展。
要了解更多表观遗传学、少年医学和早发性衰老综合症之间的联系，请参见基因组医学2020年5月,。
如果你想阅读更多关于ATAC-Seq方法，请访问我们的朋友在Active Motif -的这篇伟大的博客文章理解和使用ATAC-Seq的完整指南。