强调
RNA-SEQ峰会摘要
RNA-SEQ是一种使用大亚博pc规模平行测序的能力来在单个转录水平上产生整个转录组信息的技术。
RNA-SEQ 2014年首脑会议是了解关于优势的优秀阶段RNA-SEQ.并且从微阵列或实时PCR分析转变为RNA测序。这次会议跨越两天，每天都有预定的演示，集团研讨会，海报演示和网络会议。在RNA-SEQ中，共提供了一定十九次会谈，包括样品选择，RNA分离，评估RNA质量和完整性，图书馆准备，测序，数据存储和管理，数据分析和解释方法。除了个人演示文稿外，还为每天组织圆桌讨论会议。
此外，在第一天举行了一个非常独特的社交会议，叫做“快速社交”，是的，你说对了，它就像快速约会，只是为了与与会者建立社交关系。其目的是加强与研究人员、技术开发人员和商业团体的联系，使他们有机会在短时间内向尽可能多的与会者介绍和传递名片。亚博pc
简而言之，这次会议聚集了学术和行业领袖，讨论了rna测序的最新进展，并评估了最佳技术和软件包的成功和进展。我相信我从这次会议中获益良多，我希望能够将这些知识付诸实践，成为RNA-Seq的专家。
背景:RNA-Seq领域及新技术
约书亚莱文，广泛的研究所
Levin博士是广泛研究所的研究科学家和集团领导者，他已经开发和全面地评估了用于RNA测序（RNA-SEQ）的广泛测定，例如靶向，链状，总和和低输入RNA-SEQ协议。这些开发的测定用于各种项目，例如癌症转录组织，单细胞研究和基因组注释。
Levin博士以他的巨大信息和有趣的谈话讨论了RNA-SEQ的基础知识，他开始通过证明在细胞中，每个单链RNA由两条DNA中的一种合成。当在实验室中将RNA复制回RNA-SEQ的cDNA时，除非使用特殊方法，否则将涉及两股DNA中的两条DNA中的哪一条DNA中的信息。STRAND特异性RNA-SEQ以三种方式改善标准RNA-SEQ：准确地识别反义转录物，确定非编码RNA（例如LINCRNA）的转录链，并划分紧密位或重叠基因的界限。
此外，Levin博士表示，非链状特异性RNA测序是标准方法，但现在STRAND特定方法提供额外的有价值信息，并且不涉及更多的工作或成本。
Levin还提到，随着Strand特异性，他的团队还检查了其他标准，并评估了实验室和计算分析中的易用性的实际措施。然而，看着所有这些因素，Dutp都是Levin和他的团队最喜欢的一个博士，它现在是他们现在广泛的默认RNA-SEQ方法，但有一些技术挑战需要解决使过程高吞吐量。他评论说，广泛的研究人员正在解决这一点，现在准备好进行大型测序要求，因为它们变得更加频繁。
Levin博士还讨论了对化学碎片，低质量RNA最适合的RNase H方法。RNase H甚至可以有效地替换标准RNA-SEQ的基于寡核苷酸（DT）的方法。此外，SMART和NUGEN具有测量低量RNA的不同优点。他还指出，N6-甲基腺苷（M6A）是最普遍的mRNA碱基改性，但大概是其精确的位置，时间动态和调节知之甚少。目前，许多方法可用于进行mRNA甲基化，但其功能尚不清楚。更重要的是，来自单细胞水平的RNA的全长mRNA-SEQ揭示给定人群的生物变化正在成为选择的方法。
莱文博士提出了证据，帮助生物学家选择最合适的方法，并为未来的方法开发提供基准。
RNA-SEQ与微阵列
Seth Crosby.华盛顿大学医学院
Crosbr博士展示了使用两种平台上的相同一组样本衍生自RNA-SEQ和微阵列的数据集的比较。这些数据集显示了两个平台产生的基因表达谱之间的高相关。此外，他提到RNA-SEQ证明了比微阵列更广泛的动态范围，因为RNA-SEQ不依赖于预先设计的补充序列检测探针，因此允许检测更差异的倍频变化的更差异表达的基因。这种比较还表明，RNA-SEQ避免了跨越杂志，非特异性杂交，在RNA-SEQ中的探针饱和等微阵列固有的技术问题。
根据Crosby博士的说法，尽管RNA-SEQ的所有可用益处，微阵列仍然是转录分析选择的选择，并且根据研究的目的是成本效益。他指出，RNA-SEQ是一种相对较新的技术，稍微昂贵，数据存储更具挑战性，更重要的是，它需要特殊亚博pc技能来分析和解释数据。
然而，最后他最终指出，随着技术的不断改进和成本的持续下降，一旦每个人都了解RNA-Seq的好处，RNA-Seq将成为转录组分析的主要工具。亚博pc
RNA-SEQ的力量：下一个是什么
Qichao Zho.，Boehringer Ingelheim
赵博士提供了一个非常丰富的和比较谈话，他详细讨论了RNA-SEQ。他描述了在RNA-SEQ中，施加大规模平行的测序技术来测量基因表达水平和组合物，使RNA-SEQ成为定量和注释转录组的极其强大亚博pc的工具。
RNA-SEQ有可能检测和量化来自所有生物学相关的类别的RNA，包括具有低丰度和中等的人。Zho博士强调，为了受益于这种强大的工具，还有一些步骤可以通过很大的考虑来拍摄，除了技术改进，如实验设计，图书馆准备（引入重复更重要的生物重复，提供了一种提供方式亚博pc准确估计并进行统计数据），阻塞设计，其可以消除流动单元和车道效应，多路复用或非多路复用，读取长度和单端或配对端。此外，他表示，彻底和精心设计的实验是一个成功项目的关键。
Zho博士强调了测序深度或覆盖（每转录物的总映射序列的数量）是RNA-SEQ的非常重要的特征。因为基因在每个转录组中差异表达低表达基因需要相对大量的序列测量。这是任何实验设计的关键步骤，应该得到很好的考虑和讨论。
在RNA-SEQ中，由于在任何给定时间的每个样品中的转录组中的转录组的复杂性质，不可能为RNA-SEQ实验设定单个覆盖值。因此，它真的取决于所需要的东西。如果仅估计基因表达或验证培养基中的变体，则不需要多得多。但对于在低表达基因中调用的变体，并且检测很少表达基因或评估替代剪接模式需要大量序列。
他还提到，在相同的测序深度下，RNA片段的两端测序相对于单端测序，增加了选择性剪接和嵌合体检测的灵敏度和特异性。因此，配对端测序提供了更多的信息。此外，序列的GC含量，随机使用六聚体寡聚物，使用寡聚dTs导致3’和5’的损耗或偏向3’端，这些都在测序数据中引入偏差，直接影响RNA-Seq分析。更好的分析策略和更好的协议可以避免所有或部分偏差。
最后，Zho博士表示，如果使用不同的生物学复制来自来自相同群体的不同生物重复而不是使用用于RNA-SEQ的相同RNA样本，则可以进一步验证来自RNA-SEQ实验的生物结论，而不是使用用于RNA-SEQ的相同RNA样品，进一步验证来自RNA-SEQ实验的生物学结论实验。
** Epigenie提供了一个巨大的“谢谢！”到Shahina B. Maqbool博士，他是一名研究助理教授在亚伯特大学大学的Enigenomics共享工厂（ESF）的遗传学和表观症分享设施（ESF）主任，善于提供此会议覆盖范围。**