突出了
非常感谢EpiGenie的读者David Valle-Garcia前往波多黎各参加这次会议。我们知道这很艰难，大卫，但谢谢你站出来!
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4月中旬，换兴趣组织的第一个会议在美丽的城市圣胡安，波多黎各。会议是一个非常亲密的聚集在一个俯瞰加勒比海的华丽地点大约100个表演爱好者。该会议举办了一系列非常广泛的主题，从方法可以将CRISPR / CAS9施加到表观遗传成像到最新的表观遗传疗法治疗癌症。会议的环境是独一无二的，非常令人耳目一新，因为它的多样性：很多初级PI有机会分享他们的令人兴奋的科学，以及该行业的几个代表。以下是一些最有趣的会谈的简要摘要：
控制增强剂甲基化：对甲酸甲酯或去甲基化物，这是问题
杨实|哈佛医学院
我们都知道表观基因组是动态的。但我们可能还没有真正想象到它的动态。在大会的主题会议上，施博士就新开发的组蛋白阅读器RACK7(又名ZMYND8)做了一个非常有趣的演讲。RACK7是BS69(又名ZMYND11)的同源物，BS69是一种识别H3.3K36me3的h3.3特异性阅读器。与其同源物不同的是，RACK7不是H3.3特异性的，主要结合于富含H3K4me1和H3K27ac标记的增强子和超级增强子区域。有趣的是，它也与H3K4me2/3组蛋白去甲基化酶KDM5C相互作用并共定位。
Rack7 KO细胞显示在增强剂和超增强子上降低KDM5C的募集，以及对这些区域的H3K4ME3的积累增加。含H3K4ME3的增强剂变得超级活跃，并显示出P300招募和EHANCERRNA的水平增加。此外，超活性增强剂的靶基因显示出表达水平升高。许多这些过表达基因与迁移相关的功能相关联，并且Rack7 KO细胞显示出比野生型对应物更高的候补和侵袭能力。因此，rack7经常在不同癌症类型中突变，特别是在乳腺癌中并不令人惊讶。
RACK7只是表观基因组动力学的一个例子。虽然我们倾向于将H3K4me1视为一个相对静态的增强剂标记，但Shi的实验室已经证明，它经常被二甲基化和三甲基化，并且有一种活跃的机制使其保持单甲基化的形式。确定H3K4me3是否为超活性增强子(或超级增强子?施博士还没有给出具体的名称)只能在病理状态下发现，也可能是正常细胞中的一种新型调节区域。
对抗胰腺癌的联合疗法
斯坦福大学医学院
尽管有无数科学家为之努力，胰腺癌仍然是最不易控制的癌症之一。尽管它主要是由众所周知的K-Ras癌基因突变驱动的，但Ras抑制剂治疗已被证明基本无效。鉴于目前缺乏可行的治疗方法，Sage实验室设计出表观遗传疗法可以在常规化疗失败的地方取得成功。利用胰腺癌小鼠模型，Sage的实验室发现，使用BET抑制剂JQ1治疗可适度提高小鼠存活率，并降低肿瘤大小。正如其他模型所显示的那样，这些效应似乎是由MYC和其他炎症信号的抑制所驱动的。不幸的是，JQ1疗法的疗效水平似乎还不足以在临床世界引起轰动。
因此，Sage的实验室尝试了已知针对RAS途径的不同组分的JQ1和不同的表观遗传药物的组合治疗。他们发现JQ1和组蛋白脱乙酰化酶抑制剂Saha（AKA Vorinostat）的组合对胰腺癌细胞具有协同且非常强大的凋亡作用。为了了解驱动这种效果的分子机制，它们对JQ1-Saha处理的肿瘤进行了转录谱分析，发现P57（AKA CDKN1C）是治疗时最强的脱抑制基因之一。使用基于体内CRISPR / CAS9的新颖方法，Sage中断了活小鼠的肝脏p57。
敲击P57降低了JQ1-Saha治疗的凋亡效应，部分降低了其功效。因为萨哈是FDA批准的药物和JQ1目前正在人体试验中，这种联合治疗可能是在快速轨道上临床测试。对于那些针对癌症的人和表观遗传疗法的潜力的漂亮典范，好消息。
这一切都是关于控制：一种用于校准和比较数据集的新芯片SEQ方法
Alex Ruthenburg |芝加哥大学
ChIP-seq是表观遗传学的精髓。由于测序的价格不断降低，它是一个负担得起的和广泛使用的技术来询问表观基因组。不幸的是，标准ChIP-seq在其规范化控制方面也存在严重缺陷。因此，吕滕堡实验室开发了一种名为“冰芯片”的新技术。ICeChIP是内部标准校准芯片的缩写。它源于一个简单但聪明的想法，即使用带有组蛋白标记的条形码核小体的spike-in。内部控制允许估计下拉的效率，以及校准芯片数据，以便在实验之间进行有意义的比较。
由于抗体并不总是完全特异性的，因此添加具有额外修改的尖峰还可以允许计算假阳性和非特异性结合位点的速率。虽然Spike-Ins是RNA-SEQ（或者应该）的相对标准和广泛使用的方法，并且将想法导入芯片-SEQ具有相同的测序偏差的芯片SEQ的非常有效的方法。希望IceChip将很快成为Chip-SEQ的黄金标准，为我们提供了一个有意义的工具，可以在不同实验室，样品和组织中进行的实验进行比较。
谁来阅读读者?表观遗传密码上面有密码吗?
Sriharsa Pradhan |内布拉斯加
自提出以来，大量证据表明表观遗传密码的重要性。然而，在代码之上有代码吗?某种超表观遗传密码?普拉丹团队的研究似乎指向了这个方向。Pradhan多年来一直对DNA甲基转移酶DNMT1的功能感兴趣。他的团队之前的研究发现了DNMT1中的两个PTMs，即143丝氨酸的磷酸化(DNMT1pSer143)和142赖氨酸的甲基化(DNMT1K142me1)。DNMT1pSer143在复制过程中稳定DNMT1，而DNMT1K142me1则靶向降解DNMT1。
最近，Pradhan的集团发现了DNMT1K142ME1：PHF20L1的读者。PHF20L1能够识别DNMT1K142ME1并螯合DNMT1至泌乳异铬胺，避免其降解并促进核糖体重复的DNA偏见。此外，他们现在发现了DNMT1PSER143：14-3-3的读者。14-3-3结合DNMT1PSER143后DNA复制并抑制其甲基化活性。14-3-3的过度表达导致迁移和增殖相关基因的低甲基化。有趣的是，过度快递14-3-3的人乳腺癌也显示出降低的DNA甲基化并降低存活。似乎，似乎还有另一种PTMS调节表观遗传调节剂的代码，其在表观遗传模式中也具有深远的影响。刚刚发现了这段代码，但它承诺成为可能在未来进行治疗提出的有趣的监管层。
概括
有很多令人兴奋的谈话，遗憾的是，没有足够的空间谈论他们所有人。但总的来说，至少有两种巨大的趋势是赞赏的。一方面，年轻人和建立的PIS使用CRISPR / CAS9系统密集地执行常用耗时的遗传操作。由于简单的基因破坏，以更复杂的基因旋转性，以使用CRISP / CAS9作为执行实时细胞成像的方式，基于CRISPR的技术已经彻底改变了表观遗传域。另一方面，利用表观遗传药物治疗不同的疾病，特别是癌症存在强烈的兴趣。
由于现在熟悉的BET抑制剂越来越多的EZH2抑制剂，因此有很多人类试验在不同的阶段看起来很有希望。还有一个非常激烈的基础研究，试图寻找新颖和更好的表观遗传读者抑制剂。总而言之，这是一个非常令人兴奋的会议，这是一个非常有前途的年轻PIS和同样有趣的研究，由不断增长的表观遗传产业所做。我已经期待着下一个换句话说。