强调
ABCAM和协调人员再次释放令人愉快的会议 - 这次弥合两个令人兴奋的表观遗传研究方法:单细胞分析和表观组织。不少于147名科学家聚集在欧洲的主要生物医学研究中心之一 - 斯特拉斯堡遗传学研究所和分子和细胞生物学(IGBMC) - 分享其最新调查结果。
如果每个人都可以达成一件事,那么甚至在与DNA甲基化,3D组织的染色质和转录 - 全部触及的话题中甚至是密切相关的细胞之间存在很大的异质性。
一个又一个精彩的演讲,听众们看到了最新的基于单细胞的技术,这些技术用于理解这种异质性。似乎这还不够好,约翰•格登(John Gurdon)和托尼•库扎里德斯(Tony Kouzarides)发表了两场精彩的主题演讲。
用Micro-C探测酵母染色质结构
奥利佛·兰多-美国马萨诸塞大学医学院
基于染色体构象捕获(3C)的技术,如Hi-C,对我们理解基因组在真核细胞核中是有组织或折叠的做出了巨大贡献。虽然我们现在对染色质的三级结构有了更多的了解,但Oliver Rando的实验室认识到,在备受争议的“30纳米纤维”水平上,染色质结构的2-12个核小体长度尺度存在一个“盲点”。
所以他们对Hi-C技术进行了修改,命名为Micro-C,并将其应用于此微球菌的核酸酶到片段染色质代替限制酶,其使它们能够具有研究染色质结构的核细胞体积分辨率。它们将微型C涂覆至酵母染色质,他们发现了令人惊讶的是,一般折叠原则伴有哺乳动物。
鉴于酵母基因组小得多,具有较小的基因相对于哺乳动物,它们发现它是折叠域内的基因数,这些域内被保守,而不是这些结构域的大小。也许更有争议,没有证据支持30nm光纤结构的存在在活的有机体内。
核位置和基因表达:鸡与鸡蛋
Wouter de Laat - 荷兰乌得勒支乌得勒德省荷兰的荷兰学院
基因的转录状态与其在核中的位置相关联。Chromo中心(CCS)是一种这样的核结构,其保持沉默状态,并以抑制性组蛋白修饰为特征。由于CCS在蜂窝分化期间动态重新定位,因此DE LAAT实验室想知道基因转移到CCS以沉默或被沉默并转向CCS吗?
他们使用优雅的系统解决了这只鸡血对蛋问题,在那里他们使用组蛋白修改读取器域将转基因瞄准CCS。他们看到对CCS的招募导致收购报告基因的抑制组蛋白标记和沉默。
在单细胞中映射基因组核椎板相互作用
Bas Van Steensel - 荷兰癌症学院,阿姆斯特丹,荷兰
核薄片(NL)与数千个基因组区域相互作用,称为Lamina相关域(LAD),覆盖约30-40%的基因组。van Steensel实验室进一步开发了他们的Damid技术来映射NL-LAD交互并将其应用于单个单元格。使用人kBm7单倍体细胞系使解释更容易,它们比较了约118个细胞的小伙子。
他们的分析揭示了个体细胞之间的小伙子的可变性。虽然某些小伙子始终存在于所有细胞中,但它们也发现一些仅在分析细胞的子集中存在的小伙子。一些染色体还具有比其他染色体更多的小伙子,所述染色体通过其他方法确认早期研究。
肿瘤异质性
Bradley E. Bernstein - Broad研究所,剑桥,麻州,美国
在最后一次谈论这次优秀的会议中,布莱恩斯坦提请我们注意癌症生物学以及单细胞,基于表观组织的方法,以了解理解肿瘤异质性和鉴定治疗靶标的洞察力。专注于Glioblastomas(GBMS),他的实验室鉴定了一组4个转录因子,其表达足以将分化的GBM细胞重新编程为具有高肿瘤繁殖性质的干细胞状状态。
在后续工作中,它们进行单细胞RNA-SEQ以评估GBMS中的肿瘤异质性。也许令人沮丧的是,他们发现即使在肿瘤繁殖的干细胞之间也存在巨大变化,这使得治疗介入更加困难。
然而,看到单细胞方法在理解癌症生物学方面的价值是非常令人鼓舞的。
* EPIGENIE感谢Adam Kebede为此伟大的会议的杰出覆盖范围。