强调
我们不知道从这个全新的研讨会能期待什么,但我们很兴奋地看到剑桥表观遗传学研讨会将会有什么。剑桥大学的黛西·海森伯格在现场捕捉了这一事件,并为我们提供了所有有趣的细节。看看她的报告如下:
会议摘要
第一种是善良;首届剑桥表观遗传学研讨会聚集了剑桥的表观遗传学群体,在Babraham研究所进行了半天的讨论。它是由剑桥表观遗传学俱乐部组织的,该俱乐部以其定期会议而闻名,它带来了高质量的国际研究人员(在这里找到谈判档案)。这个俱乐部成立仅4年,是Wolf Reik教授、Anne Ferguson-Smith教授和David Baulcombe教授的心血结晶。研讨会的主要目的是增加经常参加定期会议的不同小组之间的联系,并向包括来自谢菲尔德和诺里奇的小组在内的其他人开放剑桥表观遗传学俱乐部。
尽管在一个阳光明媚的日子里,Babraham美丽的绿地很吸引人,但第一节课“表观遗传传感:基因组和环境”还是吸引了观众的注意力。会议结束时,主办方CEGX做了简短的介绍,介绍了他们的新技术,该技术允许用户在亚硫酸氢盐测序中区分甲基胞嘧啶和羟甲基胞嘧啶。亚博pc接下来的课程,表观遗传基因组调控机制和功能基因组学,涵盖了各种表观遗传机制,从DNA甲基化到组蛋白修饰,再到mRNA-tRNA表达调控,使用各种模型生物,包括哺乳动物和植物系统。
这一天以烧烤在草地上结束,与会者可以在阳光下网络。缺乏桌子和美好的一天意味着,随着人们溢出到草地上的人们才能享受下午的社会成分,遗忘了群体界限。总的来说,由十个会谈组成的研讨会是一个很好的方式,即将到2013-2014日历为剑桥EPigenetics俱乐部,希望这是新的年度活动的开始。
单细胞RNA-SEQ和哺乳动物细胞中的等位基因表达
Rickard Sandberg.,Ludwig癌症研究所
Sandberg教授用主题演讲开设了研讨会,在一天的剩余时间内设定了高标准。他对新的单细胞RNA-SEQ技术的重点是拟合了跨越研讨会的尖端技术的新用途的主题。亚博pc而不是仅解释单细胞基因表达方法,桑德伯格利用关于旧生物问题的故事浸入了这些技术中的观众:如何在不同的表型中发挥相同的遗传背景?在整个谈话中,在观众中印象深刻的是,基因表达是随机而嘈杂的,使得具有高敏感的方法对于全球单细胞基因表达具有高度敏感的方法,以便在具有相同遗传背景的细胞之间进行比较。
Sandberg Lab使用智能SEQ2(一种具有40%敏感性的单细胞RNA-SEQ方法),以研究小鼠预注入胚胎细胞的单细胞等等表达。它们使用了母体小鼠已知的SNP的十字胚,以允许在不同等位基因之间分化。结果表明,从基因的先前记录的双位表达水平高:大约50%的基因是双位等等,50%是单个等位基因,其中来自一个父母等位基因的25%的单一等等基因。来自其他父母等位基因的%。Smart-SEQ2提供的较高的灵敏度暴露于先前的数据集中的误报;先前技术的低灵敏度意味着具有较低覆盖率的基因具有错误地标记为单位等等的机会。还发现等位基因表达在单细胞中单个等位基因和双等相位形态的状态之间的胚胎胚胎数据集中的基因,以与转录爆裂的模型一致的方式波动。
PRDE-1,新的PiRNA生物发生因子揭示了两类PiRNA
生产韦克格登研究所的米斯卡实验室
本次研讨会的想法是一个旨在为年轻的研究人员,博士生和博士学位,一个新的平台提供展示他们的研究。Eva-Maria Weick对她的博士学位讲述了识别PiRNA途径的新组成部分的博士学位秀丽隐杆线虫。虽然Eric Miska的实验室的工作在剑桥表观遗传学现场(许多与会者见过Miska教授在某个时候谈话)令人耳目一新,但更详细地了解他们的工作。
利用Miska实验室开发的piRNA通路传感器,正向遗传筛选发现了PRDE-1 (piRNA缺陷1),它可以稳定PRG-1,这是一种piwi相关的argonauth,对piRNA的积累至关重要。Eva-Maria还表明,PRDE-1是motif依赖的piRNAs及其二级sRNAs的生物发生所必需的。在提问时间,她提出motif独立和依赖的piRNAs在生物学上有不同的功能,因为它们针对不同类型的基因(分别是病原体应答基因和经典基因靶标)。
探索信使rna - trna接口使用下一代测序
Konrad Rudolph.那Marioni Lab,Embl-Ebi
另一位研究生Konrad Rudolph介绍了mRNA-TRNA接口的熟悉。与RNA-SEQ一起使用DNA POL III的芯片-SEQ(负责TRNA转录的聚合酶),它们能够定量TRNA基因表达。当TRNA基因表达比较肝脏和脑中的小鼠发育的六个阶段之间时,MRNA和TRNA表达数据两者和TRNA表达数据都在组织之间明确地区分,以在主要成分分析中以类似的方式聚类。
然而,尽管tRNA的表达发生了巨大的变化,但密码子的使用在整个发展过程中是完全稳定的(尽管Rudolph指出这并不适用于其他后生动物)。蛋白质编码和tRNA基因似乎有很大程度的变化,但在密码子和反密码子的水平上,这是补偿。这种补偿可以通过转录因子的活性或通过在tRNA基因附近富集的表观遗传标记来控制。
** Epigenie想给出一个巨大的“谢谢!”到Daisy Hessenberger,他是剑桥大学Baulcombe实验室的博士生,慷慨地提供了这个研讨会的覆盖范围**